Леонардо да Винчи давно и упорно связывается в легендах с различными секретными сообществами (масонов, катаров, розенкрейцеров, Prieur de Sion – которого он якобы был в своё время Мастером и т.д.). В частности, сионское общество в некоторый момент (хотя и раньше его времени) включало в себя одновременно и тамплиеров, и слившихся с ними в конце XI в. катаров. В своих картинах на религиозные сюжеты Леонардо очень часто вводил мотивы, связанные по символике того времени с дьяволом.
Неизвестно, разделял ли он в самом деле взгляды катаров – вряд ли в его времена подобное осталось бы незамеченным со стороны церкви. Но несомненно, что он знал о сущности (ещё вполне недавних) нападок еретиков на католическую веру и отображал их на своих картинах. Одним из самых ярких примеров можно назвать его портрет Крестителя. На нём присутствуют сразу несколько указаний на сатану как извратителя христианских символов: лицо и фигура человека – почти женские, нижняя часть тела полностью скрыта в темноте, а вытянутый вверх указующий перст (который воспринимался, в частности, и как эвфемизм полового члена) призван запятнать таким образом церковь. Гораздо более показателен набросок к этой картине, где эвфемизм отсутствует. Интересны также два варианта Мадонны в скалах на которых из более позднего убран мотив пальца. Кстати, вытянутый указательный палец (или большой и указательный) иногда считают секретным знаком масонства. Крест и гало – позднейшая вставка, не принадлежащая кисти Леонардо.